Por determinação do BNA, a EMIS opera a Câmara de Compensação Automática de Angola que suporta para além da Compensação de Cartões Bancários, as Transferências a Crédito, a Compensação de Cheques e num futuro próximo os Débitos Directos.
A compensação interbancária das operações efectuadas na Rede MULTICAIXA é uma componente essencial no modelo adoptado para o Sistema de Pagamentos Angolano. Neste modelo, a EMIS processa a compensação, por delegação do BNA e este actua como banco de liquidação.